Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2013 жылдың 29 мамырындағы №529 қаулысымен Ақтөбе мемлекеттік педагогикалық институты Қ.Жұбанов атындағы Ақтөбе мемлекеттік университетіне қайта біріктіріліп, университетке қосымша «Өңірлік» деген статус берілді.
2016 жылдың басында Қ.Жұбанов атындағы Ақтөбе өңірлік мемлекеттік университеті Республикалық қоғамдық-саяси «Президент және халық» газетінің «Уақыт таңдауы» - «Выбор Времени» агенттігімен бірлескен байқауының «Жылдың үздік жоғары оқу орны» номинациясының жеңімпазы атағына ие болды.
2017 жылдың наурыз айында Қ.Жұбанов атындағы Ақтөбе өңірлік мемлекеттік университетінің ректоры болып филология ғылымдарының докторы, профессор Ердембеков Бауыржан Амангелдіұлы тағайындалды.
2017 жылдың қараша айында «Инновациялық технологиялар паркі» ашылды.
Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2019 жылғы 11 қазандағы №752 қаулысына сәйкес «Қ.Жұбанов атындағы Ақтөбе мемлекеттік университеті» шаруашылық жүргізу құқығындағы Республикалық мемлекеттік кәсіпорыны «Қ.Жұбанов атындағы Ақтөбе өңірлік университеті» коммерциялық емес акционерлік қоғамы болып құрылды.
2019-2020 жылдары өңірдің білім беру нарығын педагогикалық кадрлармен қамтамасыз ету мақсатында 6 қосарланған мамандық ( физика-математика, физика-информатика, математика-информатика, химия-биология, география-тарих, тарих-дінтану) қатары «Визуалды өнер, көркем еңбек, графика және жобалау», «Қазақ, орыс тілдері мен әдебиеті» білім бағдарламаларымен толықты.
2020-2024 оқу жылының модульдік білім бағдарламаларына жұмыс берушілер тарапынан 352 элективті пән енгізілді. М.Оспанов атындағы Батыс Қазақстан медициналық университетімен өзара ынтымақтастық аясында «ІТ-медицина» бірлескен білім бағдарламасы жасақталды.
2021 жылы Қ.Жұбанов атындағы Ақтөбе өңірлік университетінің Басқарма Төрағасы - Ректоры қызметіне Білім беру бойынша философия докторы (Ph.D.) Қарабасова Лаура Шапайқызы тағайындалды.
2021 жылдан бері оқытушылар мен қызметкерлерге жоғары деңгейлі ағылшын тілі курстары ұйымдастырылып келеді. Нәтижесінде 350-ден астам қызметкер ағылшын тілін үздіксіз меңгеруде. 50-ден астам жас маман Астана және Алматы қалаларындағы ұлттық университеттерге докторантураға мемлекеттік грант негізінде оқуға түсті.
Қ. Жұбанов атындағы Ақтөбе өңірлік университеті «Атамекен» рейтингінде түлектерінің жұмысқа орналасу көрсеткіші бойынша Қазақстандағы үздік 10 жоғары оқу орнының қатарына енді. Түлектердің еңбекке орналасу деңгейі – 86%. Бұл көрсеткіш республика бойынша орташа деңгейден жоғары.
Жұбанов университеті 2022 жылы 18 жоғары оқу орнын біріктірген Академиялық адалдық лигасына мүше болды. Екі жылдық тынымсыз еңбектің нәтижесінде 2024 жылы Жұбанов университеті Академиялық адалдық лигасының төрағасы болып сайланды.
2023 жылы Қ. Жұбанов атындағы Ақтөбе өңірлік университеті базасында Шотландияның Heriot-Watt университетінің кампусы ашылды. Мемлекет басшысы Қасым-Жомарт Тоқаев Ақтөбе облысына жұмыс сапары барысында Heriot-Watt кампусының білім беру жүйесімен танысып, студенттермен әңгімелесті.
Қазіргі таңда кампуста студенттер «Электроэнергетика», «Мұнайгаз инженериясы және энергоменеджмент», «Компьютерлік инженерия» білім беру бағдарламалары бойынша білім алуда. Оқуды аяқтағаннан кейін түлектер Heriot-Watt университеті мен Қ. Жұбанов атындағы Ақтөбе өңірлік университетінен қос диплом алады.
Соңғы үш жылда жас ғалымдарға көрсетілген қолдау нәтижесінде, диссертациясын қорғаған докторлар саны 29-дан 74-ке дейін өсті. «Talent Management» жобасы аясында шетелдік үздік жоғары оқу орындары мен Назарбаев Университетінің 50-ден астам түлегі өңірге шақырылды. Сонымен қатар, Эдинбург, Малайзия, Дубайдан 15-тен астам профессор мен академиялық менеджерлер тәжірибе бөлісті, ал 7 шетелдік профессор тұрақты қызмет етуде.
2024 жылы «Болашақ» бағдарламасы бойынша 18 профессор-оқытушы халықаралық жетекші университеттерде білімдерін жетілдірді. Олар Heriot Watt, University of Reading, University of Sussex, University of Bristol, University of Leeds, University of Minnesota, Michigan State University, South-Western University «Neofit Rilski», Sofia University және Moscow State University сияқты оқу орындарында тәжірибе жинақтап, білімін арттырды.
Университеттің ғылым мен өндірісті байланыстыру бағытындағы коммерцияландыру жобаларына 2024 жылы екі негізгі бағыт – газды тазартуға арналған жаңа жабдықты өндіру және кедей кендер мен қалдықтардан ферроникель өндіру бағыттары қосылды.
2024 жылы бағдарламалық-мақсатты қаржыландыру аясында жалпы 33 жоба іске асырылды: Техногендік қалдықтарды қайта өңдеу және Академиялық артықшылық орталығын құру (Мегагрант 3 млрд теңге); Эпоксидті нанокомпозиттер әзірлеу (300 млн теңге): Жаңа ғылыми-технологиялық негіздер; Молекулалық биология және вирусология зертханаларын ашу (117 млн теңге).
